Le noble de la Renaissance Giovanni d’Avalos a été infecté par une ancienne souche d’Escherichia coli, un agent pathogène opportuniste. Génome de la bactérie reconstruit.
Des traces de la bactérie Escherichia coli ont été trouvées dans la momie du noble napolitain de la Renaissance Giovanni d’Avalos, décédé à l’âge de 48 ans en 1586. Cette découverte a permis aux scientifiques de reconstruire le premier génome ancien de ce micro-organisme. Il s’agit d’informations extrêmement précieuses pour comprendre l’évolution de la bactérie, un commensal qui vit normalement dans notre système digestif mais qui dans certaines circonstances, dans des conditions de stress et de déficience du système immunitaire, peut se transformer en pathogène opportuniste et déclencher des maladies graves. Ce qui le rend particulièrement dangereux, c’est le fait qu’il a développé une résistance importante aux antibiotiques, provoquant des infections de plus en plus difficiles à éradiquer. On croit que dans le passé, il a peut-être
Une équipe de recherche internationale dirigée par des scientifiques canadiens de l’Université McMaster de Hamilton, qui a collaboré étroitement avec des collègues du Département de recherche translationnelle et des nouvelles technologies en médecine et chirurgie de l’Université de Pise, a découvert l’ancienne Escherichia coli et reconstruit son génome. Département des sciences humaines (DISUM) de l’Université de Catane, l’Institut Peter Doherty pour l’infection et l’immunité de l’Université de Melbourne et l’Université Paris Cité. Les chercheurs, coordonnés par les docteurs George S. Long et Jennifer Klunk, des départements de biologie, d’anthropologie et du McMaster Ancient DNA Center de l’université canadienne, ont découvert la présence d’Escherichia coli après avoir analysé les restes de certaines momies de nobles italiens retrouvés à le début des années 80 du siècle dernier dans la basilique de San Domenico Maggiore à Naples. Les corps ont ensuite été déplacés et stockés dans les laboratoires de l’Université de Pise, qui ont étudié un total de trente momies.
La bactérie, comme indiqué, a été identifiée dans des échantillons extraits du corps de Giovanni d’Avalos, qui à l’époque souffrait d’une inflammation chronique de la vésicule biliaire causée par des calculs biliaires. «Lorsque nous examinions ces restes, il n’y avait aucune preuve indiquant que cet homme avait E. coli. Contrairement à une infection comme la variole, il n’y a pas d’indicateurs physiologiques. Personne ne savait ce que c’était », a déclaré le Dr Long, spécialisé en bioinformatique, dans un communiqué de presse. Les échantillons de calculs biliaires ont été gravement dégradés en raison de la contamination par des facteurs environnementaux et d’autres sources, de sorte que les scientifiques ont dû effectuer un travail méticuleux pour isoler les fragments d’Escherichia coli. Les chercheurs ont reconstruit son profil génétique et l’ont comparé à la bactérie moderne, découvrant qu’il lui manquait certains gènes capables d’infecter les cellules et de provoquer des maladies. Plus précisément, le génome « consistait en un chromosome de 4446 gènes et deux plasmides putatifs avec 52 gènes », de plus « la souche E. coli appartenait au phylogroupe A et à une séquence exceptionnellement rare de type 4995 », lit-on dans le résumé de l’étude. Les scientifiques pensent que l’infection n’était pas la cause de la mort de l’homme ; elle se serait manifestée en raison d’une baisse des défenses immunitaires, comme l’a indiqué à l’ANSA le professeur Gino Fornaciari de l’université de Pise, l’un des auteurs de l’étude.
« C’était tellement excitant de pouvoir isoler cet ancien E. coli et de découvrir que, bien qu’unique, il faisait partie d’une lignée phylogénétique caractéristique des convives humains qui cause encore aujourd’hui des calculs biliaires », a déclaré le co-auteur de l’étude, Erick Denamur, du cabinet français université. « Nous avons pu identifier un agent pathogène opportuniste, étudier les fonctions du génome et développer des lignes directrices qui peuvent aider les chercheurs à rechercher d’autres agents pathogènes cachés », a déclaré le professeur Long. Les détails de la recherche « Un projet de génome d’Escherichia coli du XVIe siècle associé à une infection biliaire opportuniste » ont été publiés dans la revue scientifique faisant autorité Communications Biology of the Nature circuit.