Avant que la variante ne soit détectée dans la population, une équipe de recherche de la Harvard Medical School avait identifié des mutations potentielles qui auraient pu modifier son infectivité et son immunorésistance.
Tous les virus sont en constante évolution. Certains beaucoup plus que d’autres à mesure qu’ils se propagent dans la population. Et comme le SRAS-Cov-2 continue de se répliquer chez l’homme sous la pression sélective de l’immunité naturelle et induite par la vaccination, des variantes préoccupantes (COV) avec une transmissibilité ou une virulence plus élevées continuent d’émerger. Lorsque la variante Omicron a été découverte pour la première fois en Afrique du Sud, personne ne savait quelles mutations elle avait acquises, mais une équipe de recherche de la Harvard Medical School à Boston qui avait déjà prédit certains de ses changements avant qu’elle n’apparaisse dans le monde réel.
En particulier, les chercheurs se sont concentrés sur le site de liaison au récepteur cellulaire ACE2 de la protéine Spike, appelé RBD (Receptor Binding Domain), le domaine protéique que le virus utilise pour se fixer et pénétrer dans la cellule hôte. Les mutations dans RBD sont préoccupantes car ce site est la cible de la plupart des anticorps induits par une infection ou une vaccination antérieure, ils peuvent donc donner au virus la capacité de résister aux défenses immunitaires. Dans le cas d’Omicron qui, à ce jour, est le variant de Sars-Cov-2 avec le plus de mutations, les changements au niveau du RBD sont de 15. Par comparaison, le variant Delta n’a que deux mutations sur son RBD.
Les résultats des chercheurs, contenus dans un article publié dans la revue Science, suggèrent « une grande prudence avec Omicron », a averti l’auteur principal de l’étude Jonathan Abraham. « Ce virus est un métamorphe, et la grande flexibilité que nous voyons dans la protéine Spike de Sars-Cov-2 suggère qu’Omicron ne sera probablement pas la fin de cette histoire de virus.« .
Cependant, même les virus hautement mutés qui ont été analysés dans l’étude (pseudovirus avec sept mutations immunitaires en fuite) n’ont pas pu échapper complètement aux anticorps contenus dans le sang de personnes complètement vaccinées. C’est pourquoi, selon l’équipe, une vaccination généralisée et répétée, même avec des vaccins développés contre le virus d’origine, pourrait être la clé pour contrecarrer l’émergence de nouvelles mutations.
Comme l’a souligné Abraham, plus le virus est capable de se répliquer longtemps chez l’homme, plus il est susceptible d’évoluer pour échapper aux mutations, permettant à l’agent pathogène de se propager même en présence d’une immunité naturelle, d’une vaccination ou d’autres traitements. « Donc – conclut Abraham – plus tôt tout le monde sera vacciné et contribuera à réduire la transmission du virus, plus il sera facile de faire face à la pandémie« .