Un récent étude révèle l’évolution fascinante des micro-organismes urbains à Hong Kong, mettant en lumière des souches nouvelles capables de se nourrir de désinfectants. Cette recherche soulève des questions sur la façon dont nos efforts pour stériliser l’environnement modifient l’écosystème microbien, avec des implications possibles pour la santé publique.
Un important studio international a recueilli plus de 700 échantillons provenant de différents environnements de la ville de Hong Kong pour étudier le génome des microbes présents. Ainsi, de nouvelles souches ont été identifiées, apparemment capables de métaboliser les composants fondamentaux de nombreux désinfectants.
EUREKALERT! | Jonathan Bailey, National Human Genome Research Institute, NIH (certains exemples de microbes)
Pendant la pandémie, du moins pendant les périodes où cela était possible, nous ne pouvions pas sortir sans masque et gel désinfectant. Maintenant que le Covid-19 n’est plus une urgence sanitaire (même si les cas sont de nouveau en augmentation à cause d’une nouvelle variante), la plupart d’entre nous n’ont pas vu de masque depuis des mois (sauf ceux oubliés au fond des armoires), mais pour le gel désinfectant, les choses sont différentes : dans le métro ou dans la rue, il n’est pas rare de le voir sortir de sacs à dos et de sacs à main.
Cependant, selon une nouvelle étude internationale, récemment publiée dans la revue Microbiome, notre comportement quotidien visant à stériliser les environnements urbains serait en train de modifier la composition des micro-organismes qui habitent la ville. Leur étude a permis d’identifier de nouvelles souches de microbes urbains qui non seulement seraient capables de survivre aux gels désinfectants et autres produits de nettoyage, mais pourraient même s’en nourrir.
L’étude en Chine
L’étude, menée par l’université chinoise Jiaotong de Xi’an et celle britannique de Liverpool dans le cadre du projet Human Microbiome Project, a recueilli 738 échantillons de différents environnements urbains, tels que des installations publiques, des résidences, des ports, des métros et même de la peau humaine à Hong Kong. Ces échantillons ont ensuite été analysés en laboratoire pour étudier le contenu génomique des microbes et comment ils se sont adaptés au fil des ans aux changements du contexte urbain.
Deux éléments ont attiré l’attention des chercheurs. Le premier : l’étude des échantillons a permis d’identifier 363 nouvelles souches de microbes. Le second, et sans doute le plus intéressant, concerne les caractéristiques de certaines de ces souches : plusieurs contenaient des gènes spécifiques capables de métaboliser des produits manufacturés, y compris les gels désinfectants.
Découverte de nouvelles souches de microbes urbains
Parmi celles-ci, une nouvelle souche de Candidatus phylum Eremiobacterota, jusqu’à présent documentée uniquement dans le désert arctique, a réussi à métaboliser les ions ammonium présents dans divers produits de nettoyage. De plus, ses gènes lui permettent également de survivre à l’alcool contenu dans de nombreux désinfectants.
Nous devons envisager les microbes comme des organismes vivants réagissant à leur environnement, cherchant à survivre. « L’utilisation de produits de nettoyage et d’autres agents – expliquent les chercheurs – crée un environnement unique qui exerce des pressions sélectives sur les microbes », le terme « sélectif » faisant référence au fait que face à ces pressions, les microbes peuvent réagir de deux manières : soit ils sont éliminés, soit ils s’adaptent pour survivre.
Les microbes développant une résistance à ce type de produits améliorent donc leurs chances de survivre dans les espaces urbains et si ceux-ci sont pathogènes pour l’homme – expliquent les auteurs principaux de l’étude – cela pourrait constituer un risque pour la santé humaine. C’est pourquoi il est essentiel d’étudier et de comprendre les mécanismes d’adaptation des microbes, un sujet – expliquent les chercheurs – sur lequel beaucoup de choses demeurent encore floues.