Romain
Grâce à un supercalculateur, une équipe de recherche internationale a identifié plus de 30 000 nouveaux virus. Leur matériel génétique est intégré à celui des cellules hôtes, mais permet la capacité de se répliquer. Selon les scientifiques, dans de nombreux cas, ils protégeraient les cellules des virus agressifs.
En analysant minutieusement les génomes de plusieurs microbes, les scientifiques ont fait une découverte surprenante : ils ont identifié l’ADN de plus de 30 000 nouveaux virus, totalement inconnus de la science. Le détail le plus intéressant réside dans le fait que le matériel génétique de ces virus a été directement intégré à celui des microorganismes étudiés, tout en conservant la capacité de se répliquer et de donner vie à des virus complets et fonctionnels. Les chercheurs, surpris par l’énorme quantité de nouveaux virus identifiés, émettent l’hypothèse qu’au moins une partie d’entre eux a une fonction protectrice contre les cellules qui les hébergent, les défendant de l’agression de virus extérieurs aux « mauvaises intentions ».
Les plus de 30 000 nouveaux virus dans l’ADN des microbes ont été découverts par une équipe de recherche internationale dirigée par des scientifiques autrichiens de l’Université d’Innsbruk, qui ont collaboré étroitement avec des collègues de l’Institut de Groningue pour les sciences de la vie évolutives de l’Université de Groningue (Pays-Bas) et le Département des mécanismes biomoléculaires de l’Institut Max Planck pour la recherche médicale (Allemagne). Les chercheurs, coordonnés par le Dr Christopher Bellas du département d’écologie de l’université autrichienne, ont commencé cette étude approfondie après avoir découvert de nouveaux virus en 2021 à Gossenköllesee, un lac du Tyrol. Comme ils ne savaient pas quels organismes ils étaient capables d’infecter, ils ont décidé de procéder à un balayage de séquençage d’ADN de plusieurs organismes. Ils se sont concentrés en particulier sur les protistes avec des séquences connues, un vaste règne d’organismes eucaryotes – dont beaucoup sont unicellulaires – englobant des algues, des protozoaires et d’autres groupes qui ne peuvent être classés dans les règnes des plantes, des animaux et des champignons.
Pour analyser le génome des microbes, ils ont utilisé le supercalculateur « Leo » de l’université d’Innsbruk et séquencé les données obtenues grâce à la nouvelle technologie Oxford Nanopore. En sondant d’énormes quantités de données (composées d’innombrables séquences de bases nucléotidiques d’adénine, de thymine, de guanine et de cytosine – ATGC), les séquences virales cachées ont émergé. Comme indiqué, plus de 30 000 appartiennent à des virus jusque-là inconnus de la science. Les génomes des protistes hébergent des dizaines à des milliers de virus différents, d’environ 14 à 40 kpb de long. Techniquement, ce sont des éléments viraux endogènes ou EVE, qui dérivent principalement de virus à ARN et à ADNsb. Dans certains cas, jusqu’à 10 % des génomes des microbes étudiés étaient composés de ce composant viral. Ce n’est en fait pas surprenant, étant donné que même 8% du génome humain contient des fragments viraux liés à des infections anciennes. Ces séquences virales ne sont cependant plus fonctionnelles dans la plupart des cas et sont appelées « fossiles génomiques ».
Chez les protistes étudiés, les nouveaux virus ressemblent dans de nombreux cas à des virophages, des virus qui, en termes très simples, vivent à l’intérieur des cellules eucaryotes et tuent d’autres virus, notamment les « géants ». Ces virophages sont capables de défendre les cellules en reprogrammant les « mauvais » virus qui tentent de les envahir. Il est possible que bon nombre des nouveaux virus découverts chez les protistes aient un rôle défensif. « Pourquoi tant de virus se trouvent dans les génomes des microbes n’est pas encore clair. Notre hypothèse la plus forte est qu’ils protègent la cellule contre l’infection par des virus dangereux », a déclaré le Dr Bellas dans un communiqué de presse. Les détails de la recherche « Invasion à grande échelle des génomes eucaryotes unicellulaires en intégrant des virus à ADN » ont été publiés dans la revue scientifique faisant autorité Actes de l’Académie nationale des sciences (PNAS).
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