Selon une nouvelle étude publiée dans Nature Microbiology, les enfants atteints de troubles du spectre autistique ont un microbiote intestinal différent de celui des enfants neurotypiques. Comment diffère-t-il et pourquoi pourrait-il être utilisé comme méthode de diagnostic potentielle, en association avec les tests standard.
Une équipe de recherche de Hong Kong a démontré que les enfants atteints d’autisme (ou plus précisément, de troubles du spectre autistique) ont une flore bactérienne intestinale unique. L’ensemble de virus, bactéries, champignons et autres micro-organismes du microbiote intestinal détecté dans la nouvelle étude est tellement divergent de celui observé chez les enfants au développement neurotypique qu’il pourrait même être utilisé comme une méthode de diagnostic révolutionnaire. À associer clairement aux procédures plus traditionnelles basées sur l’évaluation du comportement à l’aide de tests standardisés, tels que l’Autism Diagnostic Interview (ADI) et l’Autism Diagnostic Observation Schedule (ADOS). Récemment, des chercheurs américains de l’Université de l’Indiana ont déterminé que les troubles du spectre autistique peuvent également être détectés par le mouvement des yeux (tracé oculaire); en combinant les tests déjà utilisés par les experts avec ces nouvelles approches, sans oublier les analyses génétiques potentielles, il pourrait être possible d’obtenir des diagnostics de plus en plus précoces et précis, avec des interventions rapides et de meilleurs résultats pour les jeunes patients.
Une équipe de recherche dirigée par des scientifiques du Département de médecine et de thérapie de l’Université chinoise de Hong Kong et de la société Microbiota I-Center (MagIC) a déterminé que les enfants autistes présentaient un microbiote intestinal différent de celui des enfants neurotypiques. Des études antérieures avaient déjà examiné l’association entre la variété de bactéries dans l’intestin et les troubles du spectre autistique, mais n’avaient pas trouvé de liens convaincants. Dans un article publié sur The Conversation, par exemple, les auteurs d’une étude spécifique avaient découvert que seulement une espèce bactérienne sur 600 était en corrélation avec l’autisme. Ils ont également précisé que les différences dans les bactéries étaient essentiellement associées au fait que les enfants autistes étaient généralement plus « pointilleux » sur leur alimentation, c’est-à-dire qu’ils choisissaient une variété limitée d’aliments en raison d' »intérêts restreints et répétitifs ».
Mais dans la nouvelle étude menée à Hong Kong, le professeur Ng et ses collègues ont mené une enquête beaucoup plus approfondie, impliquant plus de 1 600 enfants présentant des signes de troubles du spectre autistique, un diagnostic confirmé et des enfants neurotypiques. Les chercheurs n’ont pas seulement examiné les bactéries, mais l’ensemble des micro-organismes du microbiote intestinal, en tenant compte également des champignons, des virus et des archéobactéries (ou archées). C’est une différence significative, car en se basant sur un seul realme (bactéries ou champignons, par exemple), une intelligence artificielle correctement formée n’était pas capable de détecter des différences significatives entre un enfant autiste et un enfant neurotypique, tandis que l’analyse du microbiote intestinal dans son ensemble mettait en évidence des caractéristiques clairement distinguables. Après avoir réalisé le séquençage métagénomique sur les échantillons fécaux des enfants, dont environ 25 % de filles, les chercheurs ont déterminé que les enfants autistes présentaient des altérations dans 51 bactéries, 18 virus, 14 archées et 7 champignons, ainsi que dans 27 gènes microbiens et 12 voies métaboliques.
Cette différence était tellement significative qu’elle pouvait même être exploitée comme critère de diagnostic; en prenant en compte plus de 30 facteurs distincts à « multi-royaume », le microbiote intestinal avait une précision diagnostique entre 79,5 et 88,6 pour cent pour distinguer un enfant autiste d’un enfant neurotypique, en fonction de la tranche d’âge. Les participants à l’étude, dans une grande majorité de cas des garçons (plus touchés par l’autisme), étaient âgés de 1 à 13 ans. « Dans l’ensemble, nos résultats mettent en évidence l’application potentielle de marqueurs multirégionaux et fonctionnels du microbiote intestinal comme outils de diagnostic non invasifs pour l’autisme », ont écrit le professeur Ng et ses collègues dans le résumé de l’étude. Les détails de la recherche « Multikingdom and functional gut microbiota markers for autism spectrum disorder » ont été publiés dans la prestigieuse revue scientifique Nature Microbiology.