Romain
Identifié par le Laboratoire de Génétique, Cytogénétique et Diagnostic Moléculaire de l’Ospedale dell’Angelo de Mestre, il se distingue des autres variants de recombinaison Xe et Xj.
C’est une nouvelle de ces heures que le séquençage d’un nouveau sous-type de variante Omicron du coronavirus Sars-Cov-2, l’un des soi-disant recombinants qui naissent lorsque différentes versions du même virus co-infectent la même personne. Le nouveau sous-type a été identifié en Vénétie, par le Laboratoire de génétique, cytogénétique et diagnostic moléculaire de l’hôpital Angelo de Mestre (Venise) à partir de l’échantillon prélevé en mars sur un patient vénitien positif au Covid. Il s’agit du troisième virus recombinant isolé en Italie en moins de deux semaines.
Nouvelle variante Omicron en Vénétie
Selon ce qui a été communiqué par l’Institut zooprophylactique expérimental de la Vénétie, l’un des centres de référence pour le typage du virus sélectionné dans le cadre de la surveillance coordonnée par l’Istituto Superiore di Sanità, la nouvelle variante identifiée est très similaire à Xe, la recombinant qui a émergé en Angleterre et que les scientifiques pensent qu’il pourrait être 10% plus transmissible qu’Omicron 2 (BA.2). « La variante détectée – a expliqué la biologiste Alice Fusaro, chercheuse à l’IZV – pa des traits du génome d’Omicron et d’Omicron 2, comme Xe, dans lequel, cependant, la portion d’Omicron est un peu plus courte« . En particulier, la nouvelle variante détectée chez le patient vénitien comprend la protéine Spike d’Omicron 2, tandis que la première moitié environ du génome appartient à la variante BA.1 (Omicron 1).
Comment les variants de recombinaison apparaissent
Comme indiqué, lorsque plusieurs variants circulent en même temps et co-infectent la même personne, des événements de recombinaison peuvent se produire entre les deux virus, qui échangent des morceaux du génome. Dans le cas du virus isolé chez le patient vénitien, la recombinaison qui a donné naissance au nouveau sous-type viral a eu lieu entre les sous-variants BA.1 et BA.2 d’Omicron.
Celui du patient vénitien, expliquent les experts de l’IZV, n’est pas le seul cas séquencé en Vénétie attribuable au nouveau virus. En effet, début avril, deux autres cas se sont séquencés, dans les provinces de Venise et de Padoue. « L’analyse de la séquence génétique de ce recombinant dans un contexte global a révélé que le virus est similaire aux recombinants nommés Xj initialement identifiés en Europe du Nord, bien qu’il diffère de ces virus pour certaines mutations caractéristiques (une dans ORF1a, deux dans ‘ORF1b , un dans le Spike, deux dans l’ORF8). Le recombinant identifié grâce à la surveillance régionale diffère de la variante Xe, qui est responsable de plus de 1 000 cas au Royaume-Uni ».
En particulier, dans le recombinant vénitien, environ la première moitié du génome appartient au variant BA.1 et la seconde moitié au variant BA.2, tandis que dans le variant Xe la partie BA.2 est plus étendue et représente environ 60 % du génome.
Pour le moment, souligne l’IVZ, on ne connaît pas les caractéristiques phénotypiques du nouveau recombinant qui, à ce jour, n’a été caractérisé que génétiquement, on ne sait donc pas encore s’il est plus transmissible ou s’il peut provoquer des formes plus ou moins graves de Covid. sous-types Xe ou Xj. Cependant, comme l’a souligné le Dr Fusaro, étant très similaire aux deux autres sous-types, il ne devrait pas poser de problème quant à l’efficacité du vaccin. « Je m’attends à ce que les vaccins le bloquent à un taux élevé pour les maladies graves et les décès, mais dans une moindre mesure sur le front des infections» a conclu l’expert.
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