Romain
En Afrique du Sud, les cas des sous-variantes Omicron BA.4 et BA.5, caractérisées par différentes mutations, sont en augmentation. Voici ce que nous savons.
Particules virales de coronavirus sur la cellule humaine. Crédit : NIAID
La vague actuelle de la pandémie de COVID-19 est dirigée par les sous-variantes BA.2 et BA.1 d’Omicron, mais ce ne sont pas les seules « filles » de la souche apparue en Afrique du Sud qui ont fait l’objet d’un examen minutieux par des experts. L’Organisation mondiale de la santé (OMS), comme l’a rapporté l’agence de presse britannique Reuters, a en fait affirmé avoir enquêté sur BA.4 et BA.5. Les deux sous-variants se caractérisent par un ensemble de mutations particulières qui pourraient avoir un impact sur la transmissibilité, l’agressivité et la résistance des anticorps neutralisants, aussi bien ceux induits par une infection naturelle antérieure que ceux liés aux vaccins anti Covid. Pour le moment, cependant, il n’y a pas suffisamment de données à ce sujet et il est trop tôt pour tirer des conclusions. On sait que quelques dizaines de cas de sous-variants ont été détectés en Belgique, en Afrique du Sud, au Danemark, au Botswana, en Écosse et en Angleterre, dont les séquences ont été téléchargées dans la base de données internationale GISAID. En Afrique du Sud, où Omicron a été séquencé en novembre 2021, BA.4 et BA.5 affichent une certaine croissance, mais leur impact reste à définir.
Certaines des caractéristiques des deux sous-variantes sont décrites par le professeur Tulio de Oliveria de l’Université du KwaZulu-Natal (UKZN), directeur du Center for Epidemic Response & Innovation (CERI) en Afrique du Sud, l’un des plus importants et laboratoires de pointe sur tout le continent. Le scientifique, qui divulgue des informations épidémiologiques et génétiques sur Twitter depuis le début de la pandémie, a déclaré qu’il n’y avait actuellement aucune raison de s’inquiéter ; bien qu’en fait les infections liées à BA.4 et BA.5 soient en hausse, pour le moment aucun « pic important de cas, d’hospitalisations ou de décès en Afrique du Sud » n’a été observé. Les admissions à l’hôpital et les décès sont en effet à des « plus bas historiques », comme le note l’expert.
Une autre bonne nouvelle est que les deux lignées peuvent être identifiées grâce au « proxy marqueur SGTF utilisant le test Thermo Fisher qPCR », explique de Oliveria. En termes simples, les deux sous-variantes n’échappent pas à l’œil des scientifiques, car il s’agit de la même méthode utilisée pour surveiller la variante originale d’Omicron en Afrique du Sud.
Concernant les mutations, le scientifique souligne que BA.4 et BA.5 ont un profil génétique similaire à BA.2 (Omicron « invisible ») au niveau de la protéine S ou Spike, le « biological lock pick » que le SRAS coronavirus-CoV-2 exploite pour s’accrocher à nos cellules, les envahir et déclencher la réplication qui sous-tend la maladie, COVID-19. Cependant, ils ont des mutations supplémentaires appelées 69-70del, L452R et F486V. De Oliveira explique que la première de ces mutations a également été observée dans les variantes Delta, Kappa et Epsilon, tandis que F486V est considérée comme une mutation « peu commune » située dans le domaine de liaison au récepteur (RBD). Les mutations dans cette position sont liées à la résistance aux anticorps neutralisants, c’est pourquoi l’Organisation mondiale de la santé a décidé d’étudier plus en profondeur BA.4 et BA.5.
Le scientifique a également indiqué que les deux sous-variantes diffèrent l’une de l’autre par trois mutations situées en dehors de la protéine Spike, à savoir ORF7b : L11F et N : P151S pour BA.4 et M : D3N pour BA.5. Dans BA.4 et BA.5, il y a également des « réversions au type sauvage sur nsp4 : L438 et ORF6 : D61 », dans la pratique, ils ont des changements observés dans la souche ancestrale de SARS-CoV-2.
Les autorités sanitaires d’Afrique du Sud et l’OMS continueront de surveiller de près les deux sous-variantes pour comprendre leur impact sur la gestion de la pandémie, mais à l’heure actuelle, comme indiqué, il n’y a pas lieu de s’alarmer. La sous-variante BA.2, de plus, n’a fait qu’allonger l’onde Omicron mais n’a pas provoqué de pics importants de cas, d’hospitalisations et de décès, comme l’explique de Oliveria ; BA.4 et BA.5 pourraient avoir un sort similaire s’ils prévalaient sur les autres.