Que sait-on de Deltacron, le virus recombinant désormais aussi détecté en France

Que Sait On De Deltacron, Le Virus Recombinant Désormais Aussi Détecté

Il s’agit d’une variante hybride ainsi appelée en raison du mélange de mutations Omicron et Delta, en circulation depuis début janvier 2022 et avec un génome similaire à celui de certains virus identifiés dans d’autres pays européens.

En France il y aurait au moins dix cas de Covid causés par Deltacron, la variante hybride du coronavirus dite du mélange des mutations Omicron et Delta, née d’un ou plusieurs événements de recombinaison entre ces deux lignées et avec un génome similaire à celui de certains virus également identifiés au Danemark et aux Pays-Bas. La première preuve solide de son existence, suite à la fausse alerte déclenchée par des chercheurs de l’Université de Chypre et à la détection ultérieure d’une variante de type Omicron au Royaume-Uni, a été partagée sur GISAID par l’Institut Pasteur de Paris qui a confirmé la structure définitive de le virus recombinant AY.4/BA.1, issu de la recombinaison entre le variant Delta (AY.4 ou l’une des sous-lignées) et Omicron BA.1.

Le variant Deltacron également détecté en France

Ce virus recombinant a été identifié dans différentes régions de France par le consortium EMERGEN, grâce à trois mutations qui semblent caractériser les séquences de ce recombinant : E352D, A27S, N764K. « Au 21 février 2022, dix séquences de la base de données EMERGEN portaient ces trois mutations », rapporte l’Agence française de santé publique dans sa dernière analyse de risque, précisant que d’autres analyses sont en cours pour confirmer ces résultats.

L’Agence précise également que ces recombinants font l’objet d’une surveillance accrue car « ils constituent des événements évolutifs majeurs » et « il est difficile de prédire quelles seront leurs caractéristiques par rapport aux variants dont ils dérivent, donc leur impact sur la santé publique en cas de circulation dans la population ». Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a également placé un Deltacron recombinant dans la liste des variants sous contrôle, bien qu’il s’agisse de l’hybride AY.4.2.2 x BA.1.1 initialement détecté au Royaume-Uni.

Comment naissent les variants hybrides (ou de recombinaison)

Depuis le début de la pandémie de Covid-19, plusieurs variants ont circulé de façon concomitante, il peut donc arriver qu’une même personne soit infectée simultanément par des formes virales distinctes et que des phénomènes de recombinaison se produisent : autrement dit, lorsqu’une même cellule s’infecte avec des variants différents du Sars-Cov-2, des échanges de matériel génétique entre virus peuvent avoir lieu, et le recombinant issu de cet événement possède donc un génome « ​​mosaïque » qui comprend une partie du matériel génétique de la première souche et une partie de la seconde.

« Ce phénomène de recombinaison est fréquent dans le SARS-CoV-2, comme le montre une étude américaine menée sur 1,6 million de génomes de SARS-CoV-2 qui a identifié 2,7% de recombinants – précise l’agence française de santé publique -. Dans la plupart des cas, les deux virus sont génétiquement similaires et le recombinant a un profil génétique similaire à celui des virus parentaux, de sorte que les hybrides sont difficiles à détecter et ne présentent généralement pas d’intérêt de santé publique. Cependant, la propagation mondiale de l’agent pathogène a produit au fil du temps une grande divergence génétique entre les différentes lignées de Sars-Cov-2, rendant les recombinants plus facilement identifiables car issus de variants plus divergents ».

En 2021, des virus de recombinaison ont été identifiés entre Alpha et Delta au Japon et entre Beta et Delta en Chine, mais lorsque l’onde Omicron a chevauché celle de Delta, la co-circulation de ces deux variantes à grande échelle a entraîné une augmentation de la probabilité de co-infection et donc la fréquence de ces événements de recombinaison. Plusieurs virus hybrides présumés ont récemment été signalés au Royaume-Uni, aux États-Unis et en Australie, et d’autres sont actuellement à l’étude. Le variant Deltacron identifié en France est en circulation depuis début janvier 2022.