Que sait-on de BA.2, la variante « invisible » d’Omicron qui s’est imposée au Danemark

Que Sait On De Ba.2, La Variante "invisible" D'omicron Qui S'est

Surnommé « stealth Omicron » car il ne peut pas être distingué comme la norme par les seuls tests moléculaires, c’est l’une des différentes lignées évolutives de la lignée B.1.1.529.

Une famille « élargie » qui, compte tenu des chiffres de cette vague de Covid, pourrait bientôt inclure de nouvelles lignées évolutives, ou être anéantie par d’autres versions virales comme ce fut le cas pour les précédentes variantes du Sars-Cov-2. À l’heure actuelle, cependant, la lignée B.1.1.529, désignée par la lettre grecque Omicron par l’Organisation mondiale de la santé, a au moins trois enfants (BA.1, BA.2 et BA.3) et un petit-fils (BA.1.1 ) qui se répandent plus ou moins rapidement dans un nombre croissant de pays.

La BA.2, notamment, semble désormais s’imposer au Danemark, où elle représente 28 % des nouveaux cas de Covid (plus de 4 000 séquences déposées) et dans une moindre mesure en Suède (109 séquences) et au Royaume-Uni (80 séquences ). En dehors de l’Europe, il est de plus en plus identifié en Asie, notamment en Inde, à Singapour et dans d’autres pays asiatiques. Selon Le temps de l’Inde dans la ville de Calcutta au moins 80% des cas de Covid concernent BA.2.

Séquences BA.2 déposées dans le référentiel Pangolin à partir du 18 janvier

BA.2, la variante « invisible » d’Omicron

Présente en Afrique du Sud depuis le début de la vague Omicron et initialement également détectée en Australie et au Canada, la variante BA.2 est officieusement appelée « furtifOmicron par certains chercheurs non pas parce qu’il est vraiment « invisible » mais simplement parce que l’un des gadgets que vous utilisez avant le séquençage pour suspecter une infection par Omicron ne fonctionne pas. En d’autres termes, lorsqu’un test moléculaire est utilisé pour vérifier la positivité du coronavirus, dans le cas de la variante standard d’Omicron, l’un des trois gènes cibles qui indiquent la présence du virus dans l’échantillon n’est pas identifié – un phénomène qui dans le jargon est appelé abandonner Échec du gène S (SGTF) ou du gène S. Dans le cas d’une infection par le variant Omicron BA.2, cela ne se produit pas, car le génome de ce virus est dépourvu d’une mutation spécifique du gène S (délétion 69/70 ).

L’absence de délétion 69/70 n’est pas la seule différence entre les « frères » Omicron. Comme indiqué, BA.2 fait partie de la famille Omicron qui correspond à la lignée B.1.1.529 et qui comprend également BA.1, la version virale la plus courante, d’autres séquences différentes. Les variantes BA.2 et BA.1 partagent 38 mutations mais BA.2 a 27 mutations uniques supplémentaires tandis que BA.1 20 autres. Au niveau de la protéine Spike, BA.2 et BA.1 partagent 21 variations d’acides aminés, mais BA. 1 a 12 autres mutations uniques (y compris la délétion qui provoque l’abandon du gène S) tandis que BA.2 a 6 autres variations (T19I, V213G, S371F, T376A, D405N et R408S_).

Comme cela s’est déjà produit avec les variantes précédentes, associer des capacités spécifiques au profil mutationnel d’un virus n’est pas facile et ces nouvelles versions virales n’ont pas nécessairement une transmissibilité ou une virulence différente entre elles. BA.2 étant une sous-lignée de B.1.1.529, il faut cependant considérer que, comme le variant standard, cette version virale est également capable d’éluder une partie de la réponse immunitaire conférée par les vaccins ou par une infection due à variantes précédentes.

En revanche, le discours lié à la contagiosité est différent, tant il est curieux de constater que BA.1 et BA.2 étaient en tout cas déjà présents dans les premiers cas d’Omicron détectés en Afrique du Sud, mais toujours en Afrique du Sud le BA.2 ne s’est pas répandu de manière significative comme BA.1, contrairement à ce qui se passe dans des pays comme le Danemark et probablement dans différentes régions d’Asie. Si BA.2 avait été plus contagieux que BA.1, il aurait eu le dessus partout, surtout en Afrique du Sud.

Par conséquent, la diffusion différente au niveau mondial pourrait dépendre d’un autre facteur qui, pour le moment, reste difficile à interpréter. Dans tous les cas, l’émergence de nouvelles versions du coronavirus est un phénomène naturel, qui est plus fréquent dans les zones de plus grande circulation du virus, car les chances de mutation augmentent à mesure que les chances de réplication augmentent.