Pourquoi les scientifiques disent que la variante Omicron est « bizarre »

Pourquoi Les Scientifiques Disent Que La Variante Omicron Est "bizarre"

Le génome de la variante Omicron a un si grand nombre de mutations que les experts pensent qu’il peut s’accumuler chez un patient chroniquement infecté, une population humaine négligée ou un réservoir animal.

Le nombre élevé de mutations dans Omicron, la nouvelle variante du coronavirus désignée comme préoccupante (COV) par l’Organisation mondiale de la santé, a laissé perplexes les experts et les virologues qui ont vu l’émergence d’une souche très différente des variantes Alpha et Delta. Omicron est si différent des millions de génomes Sars-Cov-2 qui ont été partagés en ligne, qu’il est difficile d’identifier son parent le plus proche. « Probablement – selon Emma Hodcroft, virologue à l’Université de Berne – bientôt divergé d’autres souches« . Cela soulève la question de savoir où les prédécesseurs d’Omicron se sont cachés pendant plus d’un an et demi de la pandémie.

D’où vient la variante « étrange » d’Omicron

Selon les experts cités par Avancées scientifiques Il y a essentiellement trois explications possibles : le virus peut avoir circulé et évolué dans une population avec peu de surveillance et de séquençage ; il peut avoir mûri de multiples mutations chez un patient chronique infecté par Covid, ou il peut avoir évolué en une espèce non humaine, à partir de laquelle il est récemment revenu à l’homme.

Christian Drosten, virologue à l’hôpital universitaire de la Charité à Berlin, est favorable à la première possibilité. « Je suppose que ce virus n’a pas évolué en Afrique du Sud, où de nombreuses séquences sont en cours, mais ailleurs, en Afrique australe lors de la vague hivernale. – croit le spécialiste -. Il y a eu beaucoup d’infections depuis longtemps, et pour que ce type de virus évolue, une énorme pression évolutive est vraiment nécessaire.« .

Andrew Rambaut de l’Université d’Édimbourg et d’autres experts pensent que le virus s’est très probablement développé chez un patient atteint d’une infection chronique à Covid-19, peut-être quelqu’un dont la réponse immunitaire a été compromise par une autre maladie ou un autre médicament. Lorsque Alpha a été découvert pour la première fois fin 2020, il semblait avoir acquis de nombreuses mutations simultanément, amenant les chercheurs à postuler la pression d’une infection chronique. La thèse a été renforcée par le séquençage d’échantillons de Sars-Cov-2 de certains patients chroniquement infectés.

« Je pense que les preuves à l’appui se renforcent», a déclaré Richard Lessells, chercheur en maladies infectieuses à l’Université du KwaZulu-Natal. Dans un cas, décrit par Lessells et ses collègues dans une prépublication, une jeune femme sud-africaine infectée par le VIH non contrôlée a été testée positive pour le SRAS-CoV-2 pendant plus de 6 mois. Le virus a accumulé bon nombre des mêmes changements que ceux observés dans les variantes préoccupantes, un schéma également observé chez un autre patient dont l’infection par le SRAS-Cov-2 a persisté encore plus longtemps.

Pour éviter une source possible de variantes futures, Lessells estime que « ce que nous devons faire, c’est combler les lacunes dans la cascade de traitement du VIH. Nous devons donc faire diagnostiquer tout le monde, nous devons amener tout le monde à un traitement et nous devons amener ceux qui sont actuellement sous traitement inefficace à des schémas thérapeutiques efficaces.« .

Selon Drosten, l’expérience des infections chroniques de la grippe et d’autres virus chez les patients immunodéprimés va à l’encontre de cette hypothèse pour Omicron. Des variantes se développent chez ces personnes qui échappent au système immunitaire, mais s’accompagnent d’un certain nombre d’autres changements qui les rendent moins capables de passer d’une personne à l’autre. « Ces virus fonctionnent très mal dans le monde réel« Parce que les mutations qui permettent à un virus de survivre chez un individu au fil du temps peuvent être très différentes de celles nécessaires pour se propager au mieux d’une personne à une autre.

Jessica Metcalf, biologiste de l’évolution à l’Institute of Advanced Study de Berlin, n’est pas si sûre que ce soit le cas du Sars-CoV-2. « Je pense que l’une des raisons pour lesquelles ce virus a si bien fonctionné est qu’une meilleure liaison à l’ACE2 – son récepteur sur les cellules humaines, ndlr – aide à la fois au sein de l’hôte et au sein de l’hôte.« Cependant, pour le moment, il est d’accord avec Drosten pour dire qu’Omicron a très probablement circulé et évolué en une population cachée.

Certains pensent que le virus s’est peut-être caché chez des rongeurs ou d’autres animaux plutôt que chez des humains, et a donc subi diverses pressions évolutives qui ont sélectionné de nouvelles mutations. « Le génome est si étrange», a déclaré Kristian Andersen, chercheur en maladies infectieuses chez Scripps Research, soulignant le mélange de mutations d’Omicron, dont beaucoup n’avaient jamais été vues auparavant dans d’autres variantes. « C’est intéressant, à quel point c’est incroyablement différentSelon le biologiste évolutionniste Mike Worobey de l’Université de l’Arizona, Tucson.

Bien qu’il pense qu’une personne immunodéprimée peut être la source d’Omicron, Worobey a noté que 80% des cerfs de Virginie échantillonnés dans l’Iowa entre fin novembre 2020 et début janvier 2021 étaient porteurs du SRAS-CoV-2. préimpression. « Je me demande si d’autres espèces pourraient être infectées de manière chronique, ce qui pourrait potentiellement fournir ce genre de pression sélective au fil du temps« .