Augmentation drastique des cas de variante super mutée B.1.1.529 en Afrique du Sud : elle dépasse le Delta

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Le nouveau variant B.1.1.529 avec 32 mutations sur la protéine S supplante le variant Delta en Afrique du Sud : en moins de 2 semaines il est responsable de 75 % des cas.

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Une nouvelle variante émergente du coronavirus SARS-CoV-2 inquiète les experts, en raison de la concentration inhabituellement élevée de mutations sur la protéine S ou Spike et du boom des nouveaux cas survenant en Afrique du Sud. En moins de deux semaines, il a atteint 75 pour cent des infections totales et atteindra bientôt 100 pour cent, supplantant la variante Delta qui a mené la vague précédente. B.1.1.529, c’est le nouveau nom de la souche, se caractérise par 32 mutations sur la protéine Spike ; cela augmente considérablement le risque qu’il soit potentiellement plus transmissible, agressif et/ou capable d’échapper aux anticorps neutralisants, à la fois ceux induits par une infection naturelle antérieure et ceux dérivés de la vaccination. D’autant plus si l’on considère qu’il s’agit d’une lignée « enfant » de la variante Beta (anciennement sud-africaine), l’une des quatre variantes préoccupantes (VOC) – avec Alpha, Gamma et Delta – reconnues par le Monde Organisation de la santé (OMS).

Des scientifiques du Network for Genomic Surveillance in South Africa (NGS-SA), un réseau de laboratoires publics et privés engagés dans le séquençage génomique de l’agent pathogène, ont découvert les premiers cas de variante B.1.1.529. L’Afrique du Sud, comme indiqué, représente actuellement le pays le plus touché. Dans le premier communiqué du ministère sud-africain de la Santé, il était question d’une dizaine de cas en tout, dont un identifié au Botswana – le premier jamais – et un autre à Hong Hong. Dans ce deuxième cas, il s’agit d’un voyageur qui s’était rendu en Afrique du Sud entre le 22 octobre et le 11 novembre. L’illustre professeur Tulio de Oliveira, expert en bioinformatique et généticien qui étudie les variantes du coronavirus depuis le début de la pandémie, confirme avec une série de « tweets » sur Twitter que les patients infectés par B.1.1.529 en Afrique du Sud sont en réalité la majorité. Dans l’un des derniers articles, il a souligné que la nouvelle variante semble se propager très rapidement: « En moins de 2 semaines maintenant, elle domine toutes les infections après une vague Delta dévastatrice en Afrique du Sud », a déclaré l’expert, ajoutant qu’elle représente désormais 75 pour cent des derniers génomes séquencés et atteindra bientôt 100 pour cent.

Auparavant, il avait signalé que 77 cas avaient été confirmés dans la province peuplée de Gauteng, l’une des plus durement touchées. Mais l’augmentation significative des infections enregistrée dans le pays ces derniers jours est presque totalement liée au B.1.1.529, comme le montre le graphique ci-dessus : il est passé de 106 cas positifs le 1er novembre à 1 275 le 24. Autres zones particulièrement touchées par une nouvelle variante se trouve dans le Nord-Ouest et le Limpopo, comme indiqué dans un communiqué de presse du National Institute for Communicable Diseases – Division of the National Health Laboratory Service, mais les données publiées par le professeur de Oliveira suggèrent que la variante est déjà largement présente dans tout le Sud provinces africaines.

Pour le moment, l’OMS l’a inclus dans la liste des variantes sous surveillance (Variants Under Monitoring – VUM) ; en fait, il est encore trop tôt pour comprendre quel pourrait être l’impact sur la pandémie de COVID-19. Ce qui inquiète les experts, c’est le nombre disproportionné de mutations sur la protéine S ou Spike, le « picklock biologique » que le coronavirus utilise pour se lier au récepteur ACE-2 des cellules humaines, briser la paroi cellulaire, verser de l’ARN viral à l’intérieur et initier la réplication processus qui déclenche la maladie. Plus le nombre d’altérations génétiques au niveau de cette protéine est important, plus le risque que la souche soit plus contagieuse, agressive et insaisissable est grand. Après tout, les vaccins anti-Covid reposent précisément sur le déclenchement de l’immunité contre cette protéine spécifique ; si les souches diffèrent trop significativement de celle exploitée dans les médicaments, il existe un risque de diminution de l’efficacité.

En plus des 32 mutations localisées sur la protéine S, dont les noms peuvent être consultés dans cette base de données, le variant B.1.1.529 en possède également 18 autres dans d’autres localisations. Il s’agit donc d’une variante super mutante, qui selon le professeur François Balloux, directeur de l’Institute of Genetics de l’University College London, aurait pu évoluer en un patient immunodéprimé souffrant d’une infection chronique, chez qui le SARS-CoV-2 pourrait muter en continu en générer le nombre énorme d’altérations détectées par le séquençage génomique. « Sans surprise, une nouvelle variante a été détectée en Afrique du Sud », a déclaré le professeur Adrian Puren en commentant la découverte de la variante B.1.1.529. « Bien que les données soient limitées, nos experts font des heures supplémentaires avec tous les systèmes de surveillance disponibles pour comprendre la nouvelle variante et quelles pourraient être les implications potentielles », a ajouté l’expert, précisant que les citoyens seront constamment et rapidement mis à jour sur les résultats de l’enquête. analyses. Le Dr Michelle Groome, directrice du NICD, souligne que pour contenir les variantes émergentes et circulantes, il est essentiel de continuer à vacciner et de se conformer aux mesures anti-contagion, telles que les masques, l’hygiène des mains et la distanciation sociale.