La variante delta a disparu du Japon en raison d’une possible auto-extinction du virus: qu’est-ce que cela signifie

La Variante Delta A Disparu Du Japon En Raison D'une

Des scientifiques de l’Institut national de génétique et de l’Université de Niigata affirment que la variante Delta a disparu du Japon par « auto-extinction »

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La variante Delta du coronavirus SARS-CoV-2 a rapidement et mystérieusement disparu du Japon après un boom spectaculaire des infections l’été dernier. Parmi les facteurs qui ont contribué à la réduction des infections figurent certainement le taux de vaccination élevé – après un démarrage lent – et les mesures anti-Covid, telles que la distanciation sociale et les masques, selon un groupe de scientifiques de l’Institut national de génétique japonaise. et à l’université de Niigata, le variant Delta a peut-être disparu pour une autre raison : un excès de mutations qui l’aurait conduit à « s’éteindre ». Autrement dit, il se serait éliminé tout naturellement. Comment est-ce possible? Y a-t-il un espoir que cela puisse se produire ailleurs également? Voici ce que les scientifiques japonais ont trouvé.

Tout d’abord, il faut souligner que le coronavirus SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de COVID-19 change continuellement et naturellement comme les autres agents pathogènes. Il le fait au rythme de quelques mutations par mois et, en raison de la propagation mondiale, a donné naissance à des milliers de nouvelles lignées. Certains sont devenus des variantes préoccupantes (COV), comme la variante Delta susmentionnée (B.1.617.2, ancien deuxième indien), Alpha, Beta et Gamma, qui peuvent être plus contagieuses et/ou agressives ; d’autres sont plutôt comptées parmi les variantes d’intérêt (VOI), qui ont fini dans la ligne de mire des experts mais pas encore considérées comme une menace concrète. De nombreuses autres souches dérivées du « virus de Wuhan » ont développé des mutations totalement hors de propos ; cela se produit dans la grande majorité des cas et ne conduit pas à l’émergence de variants spécifiques à surveiller. Dans certaines circonstances heureuses, les mutations qui se produisent naturellement au cours du processus de réplication virale – il s’agit en fait d’une erreur de « photocopie » de l’enzyme polymérase – ne sont pas bénéfiques pour le pathogène, mais contre-productives. En termes très simples, le système de réplication peut se détraquer à cause de ces erreurs et le virus ne peut plus se reproduire. Cela détermine l’inévitable disparition. C’est ce qui se serait passé au Japon avec la variante Delta, qui aurait donc continué à changer jusqu’à ce qu’elle « se bloque ».

« Si le virus était bel et bien vivant, les cas augmenteraient certainement car l’utilisation de masques et la vaccination n’empêchent pas des infections révolutionnaires dans certains cas », a déclaré au Japan Times le professeur Ituro Inoue, professeur à l’Institut national de génétique japonais. La référence est à l’effondrement des infections qui s’est produit depuis le pic survenu vers le 20 août – avec 24 à 25 000 cas par jour – à ce jour, avec quelques dizaines de nouvelles infections par jour. En revanche, la moyenne hebdomadaire des décès est tombée à 3, contre plus de 60 au pic du mois d’août. Selon les experts japonais, la variante Delta du SARS-CoV-2 a accumulé trop de mutations dans une protéine appelée nsp14, qui est chargée de corriger les erreurs de copie lors de la réplication virale. En raison de ce processus, le « photocopieur » viral se serait bloqué, provoquant l’autodestruction de l’agent pathogène.

En analysant l’impact de l’enzyme APOBEC3A répandue dans la population asiatique (mais pas dans les populations européennes et africaines) contre la protéine nsp14, sa capacité à attacher des virus à l’ARN étant connue, les experts se sont rendu compte que la diversité génétique du variant Delta était étonnamment faible par rapport à celui de la variante Alfa, qui avait mené la troisième vague d’infections en Europe. Le professeur Inoue et ses collègues ont découvert que la variante Delta avait subi une sorte de blocage évolutif, en raison d’une accumulation de mutations sur la protéine nsp14. « Nous avons été littéralement choqués de voir les résultats », a déclaré le professeur Inoue au Japan Times. « La variante Delta au Japon était hautement transmissible et excluait les autres variantes. Mais au fur et à mesure que les mutations se sont accumulées, nous pensons qu’il est finalement devenu un virus défectueux et qu’il n’était plus capable de se copier. Considérant que les cas n’ont pas augmenté, nous pensons qu’à un moment donné en raison de ces mutations, il s’est dirigé vers son extinction naturelle », a commenté le scientifique.

Si ce processus était confirmé, est-il possible que la variante Delta puisse également s’éteindre d’elle-même dans d’autres pays ? Comme l’a expliqué le professeur Inoue au journal japonais, une extinction naturelle similaire pourrait également se produire ailleurs, cependant elle serait difficile à détecter, car il semble que le nombre élevé de mutations observées sur nsp14 au Japon soit significativement réduit à l’étranger (bien qu’elles aient été détectées significatives dans plus de vingt pays). Pour Inoue, cependant, les chances que la variante Delta disparaisse en dehors du Japon « ne sont pas nulles ». Selon le scientifique japonais, la disparition du SARS-CoV (le virus responsable du SRAS) pourrait avoir été liée précisément à l’accumulation de mutations qui ont entravé le processus de réplication. Il faut se rappeler que la variante Delta n’est qu’une des nombreuses lignées du pathogène et, même si elle venait à disparaître soudainement partout, il y en aurait plusieurs autres prêtes à la supplanter. Ce n’est pas un hasard si de nombreux experts pensent désormais que le coronavirus ne disparaîtra plus, mais se transformera en un pathogène endémique.