Variante de Kraken dominante en Europe en 2 mois : que se passe-t-il et quels sont les risques

Variante de Kraken dominante en Europe en 2 mois : que se passe-t-il et quels sont les risques

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) souligne la croissance rapide de la variante XBB 1.5 « Kraken », qui a actuellement des effectifs très faibles mais pourrait devenir dominante dans les semaines à venir. Ce que nous savons de cette sous-variante d’Omicron et quels sont les risques.

Particules virales de coronavirus sur cellule humaine.  Crédit : NIAID

Particules virales de coronavirus sur cellule humaine. Crédit : NIAID

La vague actuelle de la pandémie de COVID-19 est entraînée par un ensemble de sous-lignées de la variante préoccupante d’Omicron, qui a émergé en novembre 2021 en Afrique du Sud et est rapidement devenue dominante, en raison du mélange particulier – et encombré – de mutations sur les protéines So Spike, le crochet biologique qui permet au coronavirus SARS-CoV-2 de se lier aux cellules humaines et de les infecter. À l’heure actuelle, les souches les plus présentes en France, comme le démontrent les données actualisées au 11 janvier de l’Istituto Superiore di Sanità (ISS) et du ministère de la Santé, sont liées à la famille « Cerberus » (BQ.1.1), pour une total de 73 % des écouvillons soumis au séquençage. Il s’agit d’une sous-variante fille d’Omicron BA.5, qui était présenté il y a quelques semaines comme le plus insaisissable aux anticorps neutralisants. Mais la « renommée médiatique » de Cerberus n’a pas duré très longtemps, car XBB « Gryphon » et depuis quelques jours XBB 1.5 « Kraken » ont pris le relais, des sous-variantes recombinantes nées de la recombinaison des lignées BA.2.10.1 et BA.2.75, à leur tour enfants d’Omicron 2. Kraken est celui qui inquiète le plus les experts, en raison de la croissance très rapide aux États-Unis et de la possibilité qu’il puisse devenir dominant en Europe d’ici quelques mois. Le virologue Fabrizio Pregliasco a également déclaré à Netcost-security.fr que la variante a des références pour pouvoir devenir une nouvelle variante préoccupante à tous égards dans 1 ou 2 mois, après Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron. Voici ce que nous savons sur Kraken et quels sont les risques.

Tout d’abord, il faut souligner qu’à l’heure actuelle, comme l’a précisé le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) dans un communiqué de presse, les évaluations concernant le taux de croissance de Kraken présentent un degré élevé d’incertitude. Pour deux raisons principales. La première est que la variante est actuellement présente à des niveaux très bas dans la zone de l’Union européenne (en France, il y a environ 10 cas à ce jour), la seconde est que ce qui se passe aux États-Unis ne se reflète pas nécessairement de notre côté. « La croissance rapide aux États-Unis n’indique pas nécessairement que la variante deviendra dominante dans l’UE/EEE, car des différences importantes dans la circulation des variantes entre l’Amérique du Nord et l’Europe ont été observées à plusieurs reprises au cours de la pandémie », précise l’ECDC. . Net de ces évaluations, XBB 1.5 Kraken a encore plusieurs caractéristiques particulières qui en font une observation spéciale des experts. La lignée a été détectée pour la première fois aux États-Unis le 22 octobre 2022 et, après une période de quiescence, a connu une croissance explosive en décembre, surprenant de nombreux experts.

Selon les données publiées par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis, le temps nécessaire pour doubler les cas de Kraken est actuellement de 9 jours, où il représente désormais un peu moins de 30% de tous les cas (mais dans les régions de l’est des États-Unis où il est apparu en premier, il était aussi élevé que 75 pour cent). L’avantage de croissance par rapport aux autres variantes en Amérique du Nord est estimé à 109%, tandis qu’en Europe, il est de 113%, bien que, comme spécifié, le nombre de cas dans les territoires de l’UE et de l’EEE soit actuellement très faible. Autant dire que sur les 4 770 séquences déposées dans la base de données GISAID EpiCov relatives à Kraken, plus de 4 100 font référence aux USA. En ce qui concerne les pays européens, le plus impliqué est le Royaume-Uni avec un peu plus de 200 cas, alors que pour les autres, les chiffres sont très faibles. Mais cela n’indique pas que la sous-variante n’est pas « coudée » pour prendre le sceptre de souche dominante et aussi d’une éventuelle nouvelle variante préoccupante, comme l’a souligné le professeur Pregliasco.

La raison de cette croissance réside avant tout dans le profil particulier des mutations sur ladite protéine S ou Spike, qui rendent le Kraken particulièrement immunoévasif, c’est-à-dire capable d’éluder les anticorps neutralisants déclenchés à la fois par une infection naturelle antérieure et par la vaccination anti Covid ( qui reste toujours protecteur contre le COVID-19 sévère, notamment grâce aux rappels mis à jour de la quatrième dose). Dans le viseur des experts il y a surtout la mutation S486P, associée à l’évasion immunitaire déjà évidente démontrée par XBB Gryphon. Fait intéressant, l’étude non encore évaluée par des pairs « La transmissibilité améliorée de XBB.1.5 est contribuée à la fois par une forte liaison ACE2 et une évasion d’anticorps » par des scientifiques de l’Institut de biophysique de l’Académie chinoise des sciences a montré que Kraken n’est pas associé à un supérieur capacité à réduire la neutralisation par les sérums vaccinés et convalescents par rapport à XBB.1. Néanmoins, il a une plus grande affinité avec le récepteur ACE2 sur les cellules humaines, la « passerelle » à laquelle la protéine Spike se fixe pour permettre l’invasion virale. Selon les scientifiques, ce serait justement cette affinité supérieure qui favoriserait la croissance de Kraken par rapport à Gryphon et les autres. Pour le moment, cependant, le fait qu’il puisse devenir prédominant d’ici quelques mois n’est qu’une hypothèse. Et même si cela devait en devenir un, il ne devrait pas y avoir d’urgences particulières.

Il faut en effet souligner que, comme le précise l’ECDC, « il n’y a pas à l’heure actuelle assez d’informations pour évaluer une éventuelle évolution de la sévérité de l’infection associée au variant ». D’après les données recueillies à ce jour, il ne semblerait cependant pas provoquer un COVID-19 plus grave que celui déclenché par l’Omicron d’origine et les souches descendantes, considérées comme moins agressives et plus concentrées sur les voies respiratoires supérieures que les précédentes ( ceci est également dû au degré d’immunisation important de la population, entre vaccins et infections naturelles). Concernant les symptômes des différentes sous-variantes d’Omicron, l’étude britannique Zoe Covid indique que les maux de gorge, le nez qui coule, le nez bouché, les éternuements et la toux sans mucosités sont actuellement les plus répandus.